Szlaki kajakowe na terenie Puszczy Augustowskiej (łącznie 347 km szlaków) są bardzo malownicze i nie sprawiają wielu trudności. Biura podróży oraz wypożyczalnie sprzętu w Augustowie oferują jedno lub kilkudniowe spływy kajakowe między szklakami rzek Czarna Hańcza, Rospuda, Biebrza lub Narew oraz Kanałem Augustowskim.
Pojezierze Augustowskie przyciąga także żeglarzy dzikością przyrody, bogactwem szlaków oraz infrastrukturą dostosowaną do cumowania i postoju jachtów. Żeglarze mają do dyspozycji połączone jezioro Necko (pow. 400 ha; max gł. 25 m) wraz z jez. Rospuda (pow. 104 ha; max gł. 10,5 m), jezioro Białe (pow. 476,6 ha; max gł. 30 m) oraz jez. Studzieniczne (pow. 251 ha; max gł. 30,5 m). Największe spośród jezior to Sajno (pow. 522 ha; max gł. 27 m). Zapaleni żeglarze mogą wziąć udział w cyklicznych imprezach żeglarskich takich jak Augustów Cup - Eliminacje Pucharu Polski Jachtów Kabinowych oraz konkurs o Błękitną Wstęgę Jezior Augustowskich.
W Augustowie działa też wyciąg nart wodnych. To pierwszy tego typu obiekt w Polsce. Został wybudowany w 1999 r. nad jeziorem Necko. Jest to jedna z największych atrakcji regionu, uhonorowana prestiżowym tytułem „Atrakcji Turystycznej Roku 1999” przez Polską Organizację Turystyczną. Wyciąg ma 740 m długości. Wszyscy chętni mogą rozpocząć przygodę nauki na nartach wodnych, chociaż początki na pewno nie będą łatwe. Maksymalna prędkość jazdy to 58 km/h.
Od 1953 r. Żegluga Augustowska organizuje rejsy po augustowskich jeziorach. Sezon żeglugowy rozpoczyna się w kwietniu i trwa do późnej jesieni. Do dyspozycji gości żegluga oddaje 200-osobowe statki: Sajno i Serwy oraz 330-osobowy statek – katamaran Swoboda.
Rejsy w Augustowie:
- Rejs do Studzienicznej - przez jezioro Necko (pow. 400 ha; max gł. 25 m), jezioro Białe (pow. 480 ha; max gł. 30m) oraz jez. Studzieniczne (pow. 250,1 ha; max gł. 30,5 m) połączone ze sobą Kanałem Augustowskim. W programie rejsu jest śluzowanie w Przewięzi oraz 20-minutowy postój w Sanktuarium Maryjnym w Studzienicznej. Czas trwania: 3 h
- Rejs w Dolinę Rospudy – przez jezioro Necko (pow. 400 ha; max gł. 25 m) i jez. Rospuda (pow. 104 ha; max gł. 10,5 m). Czas trwania: 1 h